1207 wurde die Stadt zur Reichsstadt erhoben. Um 1260 wurde mit dem Bau des Regensburger Doms St. Peter begonnen, welche zusammen mit der Steinernen Brücke das Wahrzeichen der Stadt bildet.

Regensburg war ein wichtiges Zentrum des Ostfränkischen Reichs gewesen. Ab 1594 wurde die Reichstage nur noch im Reichssaal des Regensburger Rathauses abgehalten. 1663 wurde der Reichstag nicht mehr aufgelöst - sog. Immerwährenden Reichstag. Im Immerwährenden Reichstag tagten die Fürsten des Heiligen Römischen Reiches, sowie Gesandte aus ganz Europa. Der Kaiser selbst wurde dabei meist durch kaiserliche Prinzipalkommissare vertreten.

Aus dieser Zeit stammen die bekannten Begriffe: "etwas am grünen Tisch entscheiden" sowie "etwas auf die lange Bank schieben". Den grünen Tisch und die lange Bank kann heute noch im alten Rathaus besichtigt werden.

Während des zweiten Weltkriegs wurde Regensburg zum Glück nahezu verschont. Getroffen wurden hauptsächlich die am Stadtrand gelegenen Messerschmitt-Werke. Die Stadt selbst wurde jedoch kampflos übergeben, nicht zuletzt aufgrund einer Demonstration des Dompredigers Dr. Johann Maier am 23. April 1945. Maier forderte die Übergabe, damit die Stadt nicht beschädigt werde. Am darauffolgenden Tag wurde er wegen „Sabotage“ zusammen mit dem Regensburger Bürger Josef Zirkl und dem Gendarmeriebeamten Michael Lottner öffentlich hingerichtet. An der Hinrichtungsstelle am Dachauplatz wurde ein Mahnmal errichtet. Maiers Gebeine wurden 2005 in den Regensburger Dom überführt.

Der historische Stadtkern Regensburgs selbst ist praktisch vollständig erhalten. Nach Schätzungen verfügt die Stadt mit etwa 6.000 denkmalgeschützten Gebäuden über die meisten in Europa. Seit 13. Juli 2006 gehört die Regensburger Altstadt zum UNESCO-Weltkulturerbe. Manchmal wird sie wegen ihres an Bologna und San Gimignano erinnernden mittelalterlichen Stadtcharakters auch als „nördlichste Stadt Italiens“ bezeichnet.

Gegenwärtig hat die Stadt ca.140.000 Einwohner mit Hauptwohnsitz und steht damit nach München, Nürnberg, Augsburg sowie Würzburg an fünfter Stelle unter den Großstädten des Freistaates Bayern.

Die Stadt ist Hauptstadt und Sitz der Regierung der Oberpfalz, sowie Bischofssitz und hat drei Hochschulen mit über 20.000 Studenten. Die nächsten Großstädte sind Nürnberg 90 km nordwestlich, München etwa 100 km südlich und Augsburg etwa 120 km südwestlich.

Zu den bekanntesten Ehrenbürgern der Stadt gehört Papst Benedikt XVI. (Joseph Ratzinger), früherer Professor der Universität Regensburg, (Papst Benedikt XVI. hat bis heute seinen Wohnsitz in Pentling bei Regensburg). Regensburg ist die Geburtsheimat einiger berühmter Personen. Der in Regensburg geborene Don Juan de Austria, ein unehelicher Sohn von Kaiser Karl V. und der Regensburger Bürgertochter Barbara Blomberg, führte die Flotte der Heiligen Liga (Schiffe aus Spanien, Venedig, Savoyen, Genua, Malta, Toskana und päpstliche Schiffe) siegreich mit seinen Galeeren in der Seeschlacht von Lepanto gegen die Osmanen. Am 15. November 1630 starb in Regensburg der Mathematiker und Astronom Johannes Kepler. Zwischen 1945 und 1950 lebte in Regensburg der sudetendeutsche Industrielle Oskar Schindler, der während des Zweiten Weltkrieges über 1.200 Juden vor der drohenden Vernichtung in den nationalsozialistischen Konzentrationslagern rettete.

Regensburg ist stark vom verarbeitenden Gewerbe (Automobilbau, Maschinenbau, Elektrotechnik, Mikroelektronik) geprägt. Die Arbeitslosigkeit liegt unter dem bayerischen Landesdurchschnitt (Dezember 2007: 4,2 %). Mit 720 sozialversicherten Beschäftigten je 1000 Einwohner hat Regensburg nach Frankfurt am Main die höchste Arbeitsplatzdichte in Deutschland. Der Hafen Regensburg ist mit einem Gesamtumschlag 2003 von 6.681.000 t (Schiff: 3.194.000 t) der größte Hafen Bayerns. Seine Lage am Europakanal Rhein-Main-Donau macht ihn zu einem wichtigen Umschlagplatz zwischen den Nordseehäfen und Osteuropa.

Zu den bekannteste Firmen in Regenburg und nächster Umgebung zählen BMW, Siemens, Infinion AG, Osram Opto Semiconducters (modernstes LED-Fertigungswerk der Welt), Continental (ehemals Konzernsitz Siemens VDO), Toshiba, Krones AG (Weltmarktführer bei Flachenabfüllanlagen), Maschinenfabrik Reinhausen, Bosch Siemens Hausgeräte GmbH, AREVA Sachsenwerk.

Zu Zeiten des New-Economy-Booms wurden in Regensburg eine Reihe von Unternehmen gegründet wie z.B. ABC Telebuch (heute Amazon.de), ABC Telemedien AG (heute Cronon AG - Teil der Freenet AG), InternetX (heute Teil des 1&1 Konzerns), Adori AG, Feedback AG, Offerto.de oder die SPiN AG, womit Regensburg eines der Zentren der deutschen Internetwirtschaft ist.